产品介绍
VARxMD
基于ReaxFF反应力场的反应分子动力学(ReaxFF MD)模拟方法已应用于复杂反应过程如热解、氧化、催化反应等反应机理的研究而备受关注。这类过程不仅化学反应复杂、且伴随物理过程的变化,其模拟结果分析具有挑战性。VARxMD是ReaxFF MD化学反应分析及可视化工具,可在自动分析化学反应位点的基础上获得完整反应列表、反应物和生成物的动态演化、指定反应物与生成物之间 的反应网络等多层次化学反应信息,并进行基于2D和3D化学结构的可视化。
反应体系物种归类及统计 |
反应分析 |
反应网络的自动构建 |
物种和化学反应的3D可视化 |
VARxMD的物种是指反应过程中具有相同化学结构的分子片段集合,以该对象集合作为整体考察其在反应网络中演化趋势和反应行为,可为反应机理的分析提供基础。针对ReaxFF MD模拟反应体系中的物种和化学反应,VARxMD建立了一套灵活的物种分类规则,可对反应体系的物种组成、化学结构、性质等特征的物种自动分类,并对分类统计结果进行可视化。这些功能对观察反应网络中特定对象的演化趋势提供了有利支持。 |
VARxMD可以有效地提取ReaxFF MD模拟得到的分子轨迹文件中的反应信息,自动生成基于唯一物种的化学反应完整列表,并以反应列表的形式呈现给用户,还可基于归类物种和反应位点进行化学反应分类、检索、绘图等。用户可以在反应列表中对反应进行2D和3D结构的观察,获取自己感兴趣的反应信息。 |
VARxMD于2019年增加了反应网络自动构建的功能,可以搜索从指定反应物到指定生成物之间的反应路径,并构建反应网络构建。该化学反应网络分析功能适用于分析采用 ReaxFF MD 方法模拟的各种反应体系,可进一步提升研究人员分析反应机理的能力和效率。 |
VARxMD提供了从3D构型观察物种化学结构的功能,还可以从3D的角度来观察化学反应的细节,打开化学反应列表后即可使用该功能。 |
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